《火影忍者 》大抵上可分为三部分。
第一部分：讲的是忍者们小时候的故事，主要是回忆与羁绊。最明显的就是佐助与鸣人的羁绊，这份感情贯穿第一部。佐助因为哥哥杀了全族人而生活在仇恨中，最终叛变，鸣人因为父母为村子牺牲而成为了孤儿，却一直乐观面对，并且把当上火影作为自己的梦想。
从第二部到宇智波斑复活是第三部分——写轮眼传奇。这一部分讲得是写轮眼作为仙人眼的传奇事迹，创世者六道给宇智波家留下了一块石碑讲述六道的轮回眼由写轮眼进化而来。六道仙人是创世者，为了保证和平而养育了九大尾兽，然而尾兽却成为了日后各个忍者村战争的导火索。他将自己的精神——爱和力量传给了自己的两个儿子，一个是宇智波一族得到力量，一个是千手一族得到爱的精神，代表者是宇智波斑和千手柱间。
之后到现在：讲得是和平。此时漫画的主旨升华到了整个忍界的和平，冲破了一族一村的局限，开始以整个忍界的和平作为所有人奋斗的目标。最典型的就是柱间和斑，这个时候柱间不再是初代火影，他创立村子的初衷已经不仅仅是为了维护木叶的和平，而是为了维护整个忍界的和平，他和斑不再是火之国的影，而是整个忍界的影，他们的思想超越了所有人，他们是以整个忍界作为自己的奋斗目标的。这么说来，火影的世界观便要比海贼王大得多。
柱间和斑创建村子最初其目的就是为了保护自己最重要的人，可是初代却为了村子而杀了自己的好友斑。为了自己的村子也可以杀了其他村子的人，村子原本是为了保护亲人而存在的，现在却成了杀害其他人的“理由”，不得不说这是一个极大的讽刺，也就是从那个时候起，村子就失去了最重要的本质。而斑正是清楚的看到了这一点，才说柱间变了。现在第四次忍界大战，各个村子的忍者们才真正开始抛弃一村一国的枷锁，不再为村子而战，而是为了自己的同伴而战，这才是村子真正的意义。当这一切都不存在的时候，村子也就失去了它存在的意义。
一村一国的制度有其缺陷，共产主义不现实，那什么才是最好的制度呢？铲平一切，重新造人吗？其实没有最好的制度，只要是人建立的，正如，没有十全十美的人一样。
《火影》的内在主题是和平和变革，因为只要有忍者这个系统就会有战争，人都有理想，理想不满足，则成欲望，欲望成贪欲，也就造成战争。甚至是比斑和柱间更早的六道时期就已经开始变革，六道当年也在思考这个问题，他实现了忍界的大一统，但是怎样维护这样一种和平的局面，他给的答案是爱和力量。用爱去引导力量，维护和平，没有爱只有力量是危险的，但是同样，没有力量只有爱是苍白的。
那么什么是和平？什么是梦想？记得很久以前一个朋友曾说过，他的梦想是将世界打造成一个社会，分区管理，实现真正的社会主义与和平。现在看来这个确实是个梦想，只能在梦里想想。所以他现在的梦想是，做一个好人。的确，当我们无法改变现实的时候，也毋须整天空想着如何改变世界，就像上帝造物，从来没有人能证明他是假的，但是同样也从来没有人能证明他是真的。每个人都应该活在当下，承认那些超出我们意识之外的猜想那是对自己最大的不认可。
另一方面，从《火影忍者》之类的漫画的发行和商业营销来看，也对我们有一定的启示，班里有同学说到传统文化方面，其实日本的传统文化大部分便是以动漫作为载体，对世界传播的，而中国完全可以在这方面有所借鉴，通过信息媒介作为载体，比如水墨动画，比如将传统的神话故事坊间传说等等，像鲁迅先生那样进行《故事新编》，这方面的素材，我们并不比日本少，说来六道创世的传说还是来源于中国的。日本动漫传输的精神内涵到底是什么，在于我们的判断。
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