一天，小男孩尼尔斯小狐仙被变成了只有拇指大的小人，一开始，尼尔斯还以为会再次变成其他样子，可睁开眼睛之后，却还是这么小。为了变回原本的样子，尼克斯踏上了寻找小狐仙的路途。
尼尔斯想起曾经母亲讲过，小狐仙平时都是住在牛棚里的，他决定到那里去看看是否能找到小狐仙。幸好房门半开着，不然尼克斯这么小，根本没办法开门。
打开门后，地板上有一只麻雀在跳来跳去，见到尼克斯之后，立马叫了起来，院子里的鹅和鸡也被吸引了过来，并大叫起来。而尼克斯竟听懂了它们说的话,大为吃惊，便站在台阶上听了起来。
那些鸡没完没了地叫着，尼克斯实在无法受，捡起一块石头朝它们扔了过去。可是尼克斯已不再是原来的样子，鸡根本不怕，还是追着尼克斯一直叫。尼克斯想摆脱他们，但是那些鸡在后面追着叫着，都快把他的耳朵吵聋了。好在猫咪走了出来，那些鸡就闭上了嘴巴。
尼尔斯马上跑到猫跟前，请求猫能够告诉他小狐仙在哪，猫没有立刻回答，坐了下来，把尾巴精心地在腿前盘成了一个圆圈，两眼盯着男孩，猫的爪子收缩着，灰白的眼睛眯成了一条细缝，样子看着十分温柔。尼尔斯继续请求猫能够告诉他，可猫并没有告诉他。这时尼尔斯恼怒了，已经完全忘了他现在是多么弱小无力，向猫扑了过去。
猫生气了，男孩对猫并不示弱，猫扑倒了尼尔斯，尼尔斯拼命地喊着救命，可是一个人也没有来。尼尔斯认为自己要死了，可猫把爪子收了回去，猫看在女主人的面子上放过了尼尔斯。
尼尔斯进入了牛棚，牛棚里只有三头牛，可尼尔斯一进入，牛就叫了起来，一片混乱。三头牛不停地吵着，尼尔斯便垂头丧气地从牛棚里走了出来。他爬到了厚石头围墙上，坐在那里环顾着自己的家。
一只雄鹅想要和大雁们一起飞走，可尼尔斯担心鹅飞走父母会心疼，又忘记了他是多么弱小无力。尼尔斯一子从墙上跳下来，跑进鹅群里，用双臂抱住了雄鹅的脖子。恰恰就在这一瞬间，雄鹅学会了怎样腾空而起。它来不及抖掉男孩就飞向了天空。
于是，男孩就开启了他的飞行旅途。
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